La historia de la Universidad Mariana comienza en 1964, cuando en el marco del Congreso Internacional de exalumnas franciscanas, en ese entonces celebrado en noviembre en la ciudad de pasto, la congregación de Hermanas franciscanas realiza en la juventud un beneficioso encaminamiento para las futuras generaciones.

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En pasto Nariño la presidenta de Exalumnas Franciscanas y la señora Clemencia Luna de Vásquez, inicia su discurso de apertura de la fundación de la universidad en esta ciudad con ayuda de asistentes a respaldarla, de concretarse idea.

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En la comisión primera del congreso (Deber apostólico de laico), coordinado por Clara Isabel Vargas R. se acoge la idea